تحصیل در مدرسه الامام باقرالعلوم علیه السلام از ویژگیهای مهمی برخوردار است من جمله اینکه

1- استفاده از اساتید مجرب و شایسته. 2- تقویت مبانی اعتقادی و اخلاقی جهت تربیت طلاب مهذب. 3- آموزش دروس تکمیلی؛ نظیر: اعتقادات، احکام عملی، پاسخ به شبهات،تارخ حدیث،رجال، نقدفرق و ادیان و ... 4- اهتمام به امر تبلیغ معارف اهل بیت علیهم السلام و آموزش مهارتهای تبلیغی. 5- امکان بهره گیری از فرصت ‌های تبلیغی در طول سال تحصیلی و ایام تابستان و اعزام به تبلیغ از طرف این مرکز. 6- گزینش علمی و اعتقادی طلاب با آزمون کتبی و مصاحبه. 7- برگزاری کارگاه ¬های مقاله ¬نویسی، تقریر نویسی و ... 8- پیگیری نگارش مقالات علمی مرتبط با دروس مدرسه در هر نیمسال تحصیلی جهت ارتقاء در جنبه تحقیق و پژوهش. 9- امکان ادامه تحصیل در مقطع خارج در همین مرکز. 10- استفاده از طلاب ممتاز جهت استاد ناظر علمی مباحثات. 11- استفاده از طلاب ممتاز فارغ التحصیل مجموعه جهت تدریس. 12-دریافت تقریرات دروس فقه و اصول به ¬صورت هفتگی و استفاده از طلاب ممتاز جهت بررسی و ارزیابی تقریرات. 13-پنج ساله بودن دوره و تلاش بر تکمیل تمامی محدوده های درسی در سطح دو و سه. 14-برگزاری آزمون های مستمر به صورت ماهیانه، نیمسال اول و دوم. 15-پرداخت کمک هزینه تحصیلی مناسب. 16-استفاده از امکانات رفاهی از قبیل حجره، تغذیه، کتابخانه و ... 17-اهتمام ویژه به معیشت طلاب. 18-امکانات و برنامه ¬های ورزشی. 19-برگزاری اردوهای زیارتی. 20-تجلیل از ممتازین مدرسه.