در راستای رسالت و مأموریت دینی و جهت دهی به رشد همه جانبه طلاب بر پایه تعالیم و دستورات دین مبین اسلام و با تاکید بر تربیت فقهی و اعتقادی، اهداف مدرسه الامام باقرالعلوم علیه السلام به شرح ذیل می باشد:

1- جذب و گزینش طلاب مستعد جهت تحصیل در سطوح عالی و خارج با رویکرد فقه، اصول، مباحث اعتقادی و مهارتهای تبلیغی. 2- تربیت مدرس فقه و اصول برای مقاطع تحصیلی حوزه‌ های علمیه؛ بالاخص برای مناطق محروم کشور. 3- تربیت مبلغین توانمند جهت حفظ کیان تشیع و دفع شبهات از شیعیان اهل بیت عصمت و طهارت سلام الله علیهم اجمعین. 4- تقویت بنیه علمی در زمینه فقه، اصول و مباحث اعتقادی. 5- فراگیری معارف دینی از منبع وحیانی یعنی قرآن کریم و روایات اهل بیت سلام الله علیهم اجمعین. 6- تربیت طلاب مستعد جهت ورود به مقطع خارج.