در راستای رسالت و مأموریت دینی و جهت‌دهی به رشد همه‌جانبه طلاب بر پایه تعالیم و دستورات دین مبین اسلام و با تأکید بر تربیت فقهی و اعتقادی، اهداف مدرسه الامام باقرالعلوم علیه‌السلام به شرح ذیل می‌باشد:

۱) جذب و گزینش طلاب مستعد جهت تحصیل در مقطع سطح و خارج با رویکرد فقه، اصول و مباحث اعتقادی.

۲) تربیت مدرس فقه و اصول برای مقاطع تحصیلی حوزه‌های علمیه؛ بالاخص برای مناطق محروم کشور.

۳) تربیت مبلغین توانا جهت حفظ کیان تشیع و دفع شبهات از أیتام آل محمد صلی‌الله علیه و آله و سلم.

۴) تقویت بنیه علمی در زمینه فقه، اصول و مباحث اعتقادی.

۵) فراگیری معارف دینی از منبع وحیانی یعنی قرآن کریم و روایات اهل‌بیت سلام‌الله علیهم اجمعین.

۶) تربیت طلاب مستعد جهت ورود به درس خارج.