تحصیل در مدرسه الامام باقرالعلوم علیه السلام از ویژگیهای مهمی برخوردار است من جمله اینکه

1. استفاده از اساتید مجرب و شایسته.
2. برگزاری آزمون های مستمر به صورت ماهیانه، نیمسال اول و دوم.
3. پنج ساله بودن دوره به جای چهار سال مرسوم در حوزه.
4. آموزش دروس تکمیلی؛ نظیر: اعتقادات، احکام عملی، پاسخ به شبهات، نقدفرق و ادیان، امامت و … .
5. ارائه موضوعات تحقیقی مرتبط با دروس مدرسه در هر نیمسال تحصیلی جهت ارتقاء در جنبه تحقیق و پژوهش.
6. تقویت مبانی اعتقادی و اخلاقی جهت تربیت طلاب مهذب.
7. گزینش علمی و اعتقادی طلاب با آزمون کتبی و مصاحبه.
8. برگزاری مراسمات مذهبی.
9. امکان بهره گیری از فرصت ‌های تبلیغی در طول سال تحصیلی و ایام تابستان و هماهنگی با واحد تبلیغ مدرسه جهت اعزام به مناطق محروم.
10. امکان ادامه تحصیل در مقطع خارج در همین مرکز.
11. برگزاری مسابقات حفظ حدیث و کتاب خوانی با همکاری واحد تبلیغ مدرسه.
12. استفاده از طلاب ممتاز جهت استاد ناظر علمی مباحثات.
13. استفاده از طلاب ممتاز فارغ التحصیل جهت تدریس برخی از دروس، نظیر: اصول فقه.
14. دریافت تقریرات دروس فقه و اصول به ­صورت هفتگی و استفاده از طلاب ممتاز جهت بررسی و ارزیابی تقریرات.
15. برگزاری کارگاه ­های مقاله ­نویسی، تقریر نویسی و … .
16. برنامه ­های ورزشی و برگزاری اردوهای زیارتی.
17. استفاده از امکانات رفاهی از قبیل اسکان و تغذیه (پذیرائی سه وعده و میان وعده)
18. پرداخت کمک هزینه مناسب.
19. اهتمام به معیشت طلاب
20. تجلیل سالانه از ممتازین مدرسه.
21. استفاده از کتابخانه تخصصی .