در راستای رسالت و مأموریت دینی و جهت دهی به رشد همه جانبه طلاب بر پایه تعالیم و دستورات دین مبین اسلام و با تاکید بر تربیت فقهی و اعتقادی، اهداف مدرسه الامام باقرالعلوم علیه السلام به شرح ذیل می باشد:

1. جذب و گزینش طلاب مستعد جهت تحصیل در مقطع سطح و خارج با رویکرد فقه، اصول و مباحث اعتقادی.
2. تربیت مدرس فقه و اصول برای مقاطع تحصیلی حوزه‌ های علمیه؛ بالاخص برای مناطق محروم کشور.
3. تربیت مبلغین توانا جهت حفظ کیان تشیع و دفع شبهات از أیتام آل محمد صلی الله علیه و آله و سلم.
4. تقویت بنیه علمی در زمینه فقه، اصول و مباحث اعتقادی.
5. فراگیری معارف دینی از منبع وحیانی یعنی قرآن کریم و روایات اهل بیت سلام الله علیهم اجمعین.
6. تربیت طلاب مستعد جهت ورود به درس خارج.