الف) دروس اصلی: دروس رایج سطح حوزه شامل رسائل، مکاسب و کفایه (مطابق با محدوده های مرکز مدیریت) می ‌باشد و جهت تقویت بنیه علمی طلاب بعضی از دروس دوره مقدمات، مثل: اصول فقه مرحوم مظفر رحمه الله و ادبیات عرب در کنار دروس اصلی بر اساس شاگرد محوری برگزار می ‌شود و هم چنین جهت تعمیق و تثبیت مطالب، برای قسمت هایی از دروس اصلی، کلاس راهنما نیز برگزار می‌ گردد.

ب) دروس جنبی: جهت ارتقاء بنیه علمی طلاب مناطق مذکور علاوه بر فقه و اصول؛ مباحث مختلفی در این دوره برای طلاب در نظر گرفته شده است. مانند: پاسخ به شبهات، تاریخ اسلام، عقاید، مباحث امامت، احکام عملی، رجال، اخلاق، نقد اجمالی فرق و ادیان و … .

ج) دروس اختیاری: در روزهای پنج شنبه و جمعه و ایام تعطیل دروسی مثل مکالمه عربی، مکالمه انگلیسی، فن خطابه به صورت داوطلبانه برگزار می ‌گردد.

د) دروس مطالعاتی تابستان: به جهت بهره گیری از فرصت تعطیلات تابستان، طلاب مدرسه در طول دوره موظف به مطالعه کامل کتاب­ هایی؛ مانند: حیوة القلوب، حق الیقین و عین الحیوة علامه مجلسی رحمه الله، البیان مرحوم آیت الله العظمی خوئی رحمه ­الله، قواعد الفقهیه، شب­ های پیشاور، المراجعات و … می ­باشند، که هر ساله در پایان تعطیلات تابستان؛ امتحان این دروس برگزار می ­گردد.